С 2003г. по 2019г. года Национальный Центр издавал журнал «Гигиена труда и медицинская экология» - ежеквартальное научно-практическое издание, в котором публиковались оригинальные статьи о теоретических, практических, методологических разработках в области гигиены, экологии, профессиональной патологии, методов ранней диагностики и лечения, экспертизы ранней диагностики и трудоспособности, медицинской и трудовой реабилитации, обоснования нормативно-методических документов для практического здравоохранения (Казахстан).

Журнал «Гигиена труда и медицинская экология» был поставлен на учет средств массовой информации в Министерстве культуры, информации и общественного согласия Республики Казахстан (свидетельство регистрации № 3567-Ж от 4 февраля 2003 года) и был зарегистрирован Международным центром ISSN в Париже (регистрационный номер 1727-9712) Национальной Государственной Книжной палатой Республики Казахстан от 5 июня 2003 года.

НАО «Национальный центр гигиены труда и профессиональных заболеваний» возобновляет работу ежеквартального научно-практического журнала «Гигиена труда и медицинская экология» и 18 октября 2024 года был снова поставлен на учет периодического печатного издания, информационного агентства и сетевого издания в Министерстве культуры и информации Республики Казахстан.